Secara nasional elang flores termasuk jenis yang dilindungi oleh pemerintah, sesuai Peraturan Pemerintah PP No. 7 tahun 1999 tentang Pengawetan Jenis Tumbuhan dan Satwa, sebagaimana lampirannya telah diubah melalui PermenLHK No. 20 tahun 2018, untuk selanjutnya diubah lagi melalui PermenLHK No.92 tahun 2018.